Równocześnie z lokacją miasta w 1393 r. wyznaczono plac pod budowę kościoła w Pilicy. Przeniesienie parafii z kościoła św. Piotra i Pawła nastąpiło ok. 1409 r. Fundacją i uposażeniem kościoła kierowała Jadwiga, wdowa po Ottonie z Pilczy, następnie jej córka Elżbieta Granowska - trzecia żona króla Władysława Jagiełły.
Około 1412 r. biskup krakowski Piotr Wysz dokonał erekcji kościoła i jego konsekracji. Był to kościół jednonawowy w stylu gotyku nadwiślańskiego. Zachowało się gotyckie prezbiterium, zakrystia i kaplica św. Anny, czyli Matki Boskiej Szkaplerznej, zbudowana przez Stanisława Pileckiego ok. 1559 r. Prezbiterium jest jednoprzęsłowe, sklepione krzyżowo z ciosanego kamienia. Po lewej stronie głównego ołtarza znajduje się XVIII wieczne tabernakulum w kształcie niszy. Do prezbiterium przylega zakrystia sklepiona beczkowo. Po tej samej stronie jest gotycka kaplica św. Anny, zwana kaplicą Pileckich. Ozdobiona jest rokokową polichromią. W ołtarzu w miejscu obrazu św. Anny zawieszony został ok. 1662 r. barokowy obraz Matki Boskiej Szkaplerznej. Znajduje się tu późnobarokowa marmurowa chrzcielnica. Nad przejściem do kaplicy św. Leonarda, na portalu znajduje się płaskorzeźba Kasi Pileckiej - dzieło znakomitego mistrza z Włoch, Jana Marii Padowano. Według podania ludowego, Kasia, córka właściciela Pilicy utonęła w stawie znajdującym się na terenie parku. Pogrążeni w bólu rodzice postanowili dla jej upamiętnienia ufundować jej w kościele św. Jana Chrzciciela epitafium. Staw natomiast został zasypany a w miejscu gdzie miała utonąć Kasia Pilecka wybudowana została statua Matki Boskiej. Kaplica św. Leonarda powstała ok. 1600 r. W niej znajduje się jego wizerunek. W 1632 r. umieszczono w kaplicy obraz św. Jana Chrzciciela i św. Mikołaja, w 1662 r. późnogotycki krucyfiks i stiukowe posągi: Matki Boskiej, św. Jana Ewangelisty, św. Weroniki i św. Longina. Na przełomie XVI i XVII w. dokonano zmian w architekturze. Z jedno nawowego kościoła zostało gotyckie prezbiterium, zakrystia i częściowo kaplica św. Anny. Przebudowa dokonana została w oparciu o dawne gotyckie mury, pokrywając je barokowymi formami. Surowe ściany ozdobiono pilastrami, gzymsami i bogatą ornamentyką. Nawa główna - dwuprzęsłowa, szersza od prezbiterium, rozczłonkowana pilastrami, otwarta półkolistymi arkadami do kaplic, sklepiona kolebkowo. Między kamiennymi pilastrami stoją posągi apostołów na rokokowych podstawach, nad nimi stiukowe medaliony z płaskorzeźbami Męki Pańskiej. Na ścianie tęczy zawieszony został krucyfiks i ustawiono późnogotyckie posągi: Matki Boskiej i św. Jana Ewangelisty. Około XVII w. wystawiony został nowy ołtarz główny, w stylu wczesnobarokowym. W ołtarzu znajdowała się rzeźbiona figura Najświętszej Marii Panny z Dzieciątkiem. Po bokach ustawione zostały późnogotyckie posągi św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty. Po lewej stronie przy tęczy umieszczono ołtarz Bractwa Różańcowego z obrazem Matki Boskiej. W 1734 r. obraz ten został przeniesiony do ołtarza głównego. Na jego miejsce wstawiono obraz św. Jana Kantego. W ołtarzu po prawej stronie znajdował się początkowo obraz św. Stanisława, biskupa a po 1662 r. św. Barbary. W 1601 r. przy prezbiterium powstała piękna, renesansowa kaplica grobowa. Jej fundatorem był Wojciech Padniewski, a budowniczym Kacper Todige z Mesocco. Wewnątrz znajdują się ślepe arkady, murowany portal z nazwiskiem muratora i data. Ściany zdobi rokokowa polichromia w formie medalionów z popiersiami świętych. W Ołtarzu umieszczony był obraz Matki Boskiej, św. Wojciecha i św. Jana Ewangelisty (obecnie obraz Matki Boskiej z pilickiego kościoła znajduje się w kościele parafialnym w Sławkowie). Po 1662 r. zbudowano późnobarokowy ołtarz przedstawiający ofiarę Abrahama i doktorów Kościoła. W ślepej arkadzie, naprzeciw prezbiterium wmurowane zostały nagrobne płyty rodziny Padniewskich. Po tej samej stronie wybudowana została kaplica św. Józefa i kruchta, którą ufundował i wyposażył proboszcz pilicki - ks. Franciszek Leśniewicz, który był Rektorem Akademii Krakowskiej. W tej kaplicy na kolebkowym sklepieniu znajduje się stiukowa dekoracja i późnobarokowa polichromia. Na początku XVII w. wstawiono do prezbiterium wczesnobarokowe stalle i dwie ławki boczne, a w 1776 r. do nawy głównej wstawiono 20 ławek w stylu rokoko. Ambona jest wczesnobarokowa, pochodzi z lat 30-tych XVII w. Dwa drewniane słupy podtrzymują barokowo wygięty chór, ozdobiony czterema złoconymi medalionami, przedstawiają: króla Dawida, św. Cecylię, Marię Sobieską i rodzinę Padniewskich. W 1612 r. biskup krakowski Piotr Tylicki erygował i zatwierdził kolegiatę przy kościele w Pilicy i utworzył przy niej kolegium kapitulne, które tworzyło 4 prałatów i 2 kanoników. W 1432 r. biskup Oleśnicki na prośbę rodzeństwa Jana i Elżbiety Granowskich podniósł probostwo pilickie do godności prepozytury. Restrykcje carskie sprawiły, że kościół pilicki utracił swą godność kolegiaty. W dniu 25 marca 1992 r. decyzją Ojca Świętego Jana Pawła II utworzono diececję sosnowiecką, do której przyłączono część dekanatu pilickiego z siedzibą w Pilicy. W dniu 25 marca 1997 r. ks. bp. Adam Śmigielski utworzył kapitułę kolegialną olkusko-pilicką. Kościół p.w. św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty został podniesiony do godności prokolegiaty. Proboszcz parafii - ks. Kazimierz Pantak został mianowany kanonikiem gremialnym i kustoszem kapituły. W 1997 r. trwały w kościele prace konserwatorskie. W 1999 r. została odrestaurowana kaplica Matki Boskiej Szkaplerznej. 24 czerwca 2001 r. ks. bp. Piotr Skucha poświęcił odrestaurowane prezbiterium.
Źródło: tablica informacyjna kościoła
